Στο πλαίσιο της υλοποίησης του ΠΜΣ Βιολογία της Άσκησης αξιοποιούνται οι υπηρεσίες και οι υποδομές των ερευνητικών εργαστηρίων του Τμήματος Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού με σκοπό την εκπαίδευση και απόκτηση ερευνητικής εμπειρίας των φοιτητών σε αντικείμενα που ειδικεύεται κάθε εργαστήριο. Μεταξύ των εργαστηρίων του Τμήματος, σημαντικό ρόλο στην εκπαίδευση των φοιτητών του ΠΜΣ Βιολογία της Άσκησης παίζουν το Εργαστήριο Αθλητικής Βιομηχανικής, το Εργαστήριο Αθλητικής Φυσικοθεραπείας, και το Εργαστήριο Εργοφυσιολογίας – Εργομετρίας, τα οποία υπάγονται στον Τομέα Αθλητιατρικής και Βιολογίας της Άσκησης. Τα εργαστήρια αυτά διεξάγουν πλήθος μαθημάτων και φέρουν το κύριο βάρος εκπόνησης των διπλωματικών εργασιών των φοιτητών/τριών κάθε ειδίκευσης.  Για την καλύτερη εκπαίδευση και ανάλογα με τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των σπουδών των φοιτητών/τριών του ΠΜΣ Βιολογία της Άσκησης δύναται να αξιοποιηθεί και ο υλικοτεχνικός εξοπλισμός των άλλων εργαστηρίων του Τμήματος (π.χ. Εργαστήριο αθλητικής απόδοσης, Εργαστήριο  κινητικής συμπεριφοράς & αθλητικής ψυχολογίας, Εργαστήριο αθλητικής παιδαγωγικής και διδακτικής φυσικής αγωγής και Εργαστήριο προσαρμοσμένης κινητικής δραστηριότητας /αναπτυξιακών & κινητικών διαταραχών).