Από την ίδρυση του ΠΜΣ «Βιολογία της Άσκησης» υιοθετήθηκαν διαδικασίες διασφάλισης ποιότητας και αξιολόγησης του, οι οποίες πραγματοποιούνται με βάση διεργασίες που προβλέπονται από το Εσωτερικό Σύστημα Διασφάλισης Ποιότητας του ΕΚΠΑ. Οι εν λόγω διαδικασίες αξιολόγησης περιλαμβάνουν αποτίμηση του διδακτικού έργου, καθώς και άλλων ακαδημαϊκών λειτουργιών και δράσεων στην οποία συμμετέχουν όλοι οι εμπλεκόμενοι στην υλοποίηση των λειτουργιών και δράσεων αυτών, και πιο συγκεκριμένα οι φοιτητές, τα μέλη του διδακτικού προσωπικού, τα μέλη της διοικητικής και τεχνικής υποστήριξης και η Ομάδα Εσωτερικής Αξιολόγησης (ΟΜΕΑ) του Τμήματος.

Αναλυτικότερα αξιολογούνται: 

• το περιεχόμενο του Προγράμματος Σπουδών σύμφωνα με την πιο πρόσφατη έρευνα στο συγκεκριμένο γνωστικό αντικείμενο του ΠΜΣ έτσι ώστε να εξασφαλίζεται ο σύγχρονος χαρακτήρας του ΠΜΣ
• ο φόρτος εργασίας των μαθημάτων καθώς και η πορεία και ολοκλήρωση των μεταπτυχιακών σπουδών από τους φοιτητές/τριες.
• ο βαθμός ικανοποίησης των προσδοκιών των φοιτητών/τριών από το Πρόγραμμα Σπουδών, τις προσφερόμενες υπηρεσίες υποστήριξης των σπουδών τους και το μαθησιακό περιβάλλον.
• τα μαθήματα του προγράμματος σε εξαμηνιαία βάση μέσω ερωτηματολογίων που συμπληρώνουν οι φοιτητές/τριες του ΠΜΣ.
• οι διαδικασίες εσωτερικής αξιολόγησης που εφαρμόζονται στο ΠΜΣ σε επίπεδο αποτελεσματικότητας και συμμόρφωσης με το ΕΣΔΠ του Ιδρύματος.
• οι μεταβαλλόμενες ανάγκες της κοινωνίας, της αγοράς εργασίας και η προσαρμογή του περιεχομένου και των διαδικασιών του ΠΜΣ σε αυτές.